No se conoce la época en que fue fundada la villa de Iznate, sin embargo, se sabe que en la antigüedad disfrutaba del privilegio de Behetría, por el que los vecinos eran sus dueños absolutos, sin aceptar otro señorío que el de la persona que ellos mismos designaban, que normalmente pertenecía al pueblo llano.
Su nombre árabe se localiza en hisnat, los castillos, o Hisn Aute, castillo de Aute. Algunos historiadores, aseguran que en el año 879, en un caserío inmediato al poblado de Hisn Aute nació el famoso rebelde al Califato, Omar Ben Hafsun.
Iznate se rindió a los Reyes Católicos cuando éstos conquistaron Vélez-Málaga en 1487. Posteriormente, por estar en una de las zonas más conflictivas durante la rebelión morisca de mediados del siglo XVI, se sumó a la sublevación que fue sofocada por Juan de Austria, siendo sus moradores expulsados.
La villa quedó desierta hasta 1574, en que por orden de Felipe II y según consta en el libro de fundación guardado en el Ayuntamiento, llegó una comisión especial para hacer un reparto equitativo de las tierras y heredades de su jurisdicción entre cristianos viejos. Procedían estos nuevos pobladores de Antequera, Estepa y otras ciudades del interior, en un total de 59 familias, cuyos nombres, procedencia, edad, estado y otras circunstancias figuran en el dicho libro de fundación.
El edificio que más destaca es la iglesia parroquial, construida después de la rebelión. De una sola nave y de orden toscano guarda algunos lienzos de indudable valor.
